«Наутилус» мог бы оказаться обычной фантастической машиной из романа, если бы не капитан Немо. Немо первоначально задумывался как польский революционер, хладнокровно топящий русские корабли, а «Наутилус» был машиной для убийств.

Однако Этцель был против такого персонажа и заставил писателя полностью переделать его. В результате Немо из поляка стал индусом, из убийцы-мстителя — мятежником, борцом с агрессией, а также морским учёным.

Со временем многие качества капитана Немо стали невольно присваивать и его кораблю. «Наутилус» перестал быть машиной для убийства и стал считаться не только быстроходной подводной лодкой, которой подвластны все глубины, но также и оружием возмездия, исследовательской лабораторией и подводной обителью отшельника.

С его помощью Немо не только топил корабли агрессоров, но и помогал угнетённым, а также изучал подводную жизнь. Известный морской исследователь Жак-Ив Кусто нередко сравнивал себя с героями романа:

Через Красное море идет специально оборудованный корабль. В его носовой части у дна устроена кабина с широкими подводными иллюминаторами. Сидя в ней, можно обозревать водную толщу на десятки метров кругом. Появляется стая дельфинов. Они плывут перед самыми стеклами вперегонки с кораблем, и киноаппарат фиксирует их неуловимые изящные движения. Невольно вспоминается книга Жюля Верна «20 000 льё под водой», которой все мы увлекались в детстве. Там спутники капитана Немо таким же образом вели свои наблюдения над подводными жителями.

«Калипсо» подошла к гигантам, и глазам подводных наблюдателей открылось необычное зрелище: огромные животные плыли у самого носа корабля, поддерживая скорость еле заметными движениями. И снова уши наблюдателей, выглядывавших в окошки, подобно Неду Ленду и профессору Ароннаксу из жюльверновского «Наутилуса», уловили тоненькие голоса левиафанов.

Также в пользу «Наутилуса» и название романа, который изначально должен был называться «Капитан Немо», так как основной акцент в нём делался именно на образе капитана. Однако Ж. Верн вскоре сменил название на «20 000 льё под водой», и это сыграло значительную роль.

Так уже само название рисует в подсознании читателей образы морских глубин, сам корабль, и лишь потом — капитана. Отчасти благодаря этому, при высокой популярности романа, «Наутилус» и стал одной из самых известных подводных лодок в мире.