Как и в кино, в анимации «Наутилус» порой сильно отличается от своего описания в романе, как внешним обликом, так и размерами.

Так, например, в аниме «Nadia: The Secret of Blue Water» он больше похож на футуристический корабль из будущего, а размерами превышает литературный оригинал в несколько раз.

«Наутилус» появляется в следующих мультфильмах и аниме:

  • «Семья Бренди на Таинственном острове» (1972)
  • «20 000 лье под водой» (1972, 1975, 2002)
  • «Таинственный остров» (1975, 2001)
  • «Подводные приключения капитана Немо» (1975)
  • «Великое морское сражение: 20 000 миль любви» (1981)
  • «Damu Toraburu Tondekeman» (1990)
  • «Nadia: The Secret of Blue Water» (1990—1991)
  • «Вилли Фог 2» (1993)
  • «Космические забастовщики» (1995)
  • «Джонни Браво» (2000)