Образ Капитана Немо, точнее его загадочно быстрое старение, наглядно подчёркивает хронологическую путаницу в трилогии Жюля Верна. Так действие романа «20 000 лье под водой» заканчивается в 1868 году, когда Капитан — мужчина в расцвете сил и здоровья, никак не старше 50 лет, а по меркам того времени — и того меньше. Но в романе «Таинственный остров» уже в канун 1869 года Немо предстаёт древним умирающим стариком, ему уже почти 70 лет.

В главах 15 −17 третьей части романа «Таинственный остров» Жюль Верн косвенно даёт точную дату смерти капитана — 16 октября 1868 года, а в главе 16-й излагает историю принца Даккара, указывая, что тот вернулся в Индию в 1849 году в возрасте 30 лет. Отсюда вытекает дата рождения капитана — около 1819 года, и, следовательно на момент смерти в 1868 году капитану Немо должно было быть около 49 лет. Но согласно изложенным в этой же главе фактам капитан намного старше этого возраста и должен быть по крайней мере «ровесником века», или даже родившимся на исходе XVIII века. Пожалуй, единственной попыткой самого Верна ослабить противоречия была фраза, вложенная им в уста профессора Аронакса в момент его первой встречи с капитаном:

Сколько было лет этому человеку? Ему можно было дать и тридцать пять и пятьдесят!
Жюль Верн. «20 000 лье под водой». гл.8.

Сопоставление хронологии романов «20 000 лье под водой» и «Таинственный остров» также приводит к противоречиям. Если в той же главе 16-й романа «Таинственный остров» утверждается, что принц Даккар принимал активное участие в восстании сипаев, начавшемся в 1857 году, то в главе первой части первой романа «20 000 лье под водой» 1857 год называется как вероятная первая встреча корабля «Кастиллан» с «Наутилусом». При этом в главе 11-й утверждается, что «Наутилус» был построен не ранее 1865 года. Первая твёрдо подтверждённая Жюлем Верном встреча «Наутилуса» с пароходом «Моравия» датирована 5 марта 1867 года, в романе «Таинственный остров» чётко определены хронологические рамки нахождения Пьера Аронакса и его спутников на борту подводного судна — с 6 ноября 1866 года по 22 июня 1867 года. Однако и они не совпадают с датами путешествия Аронакса в романе «20 000 лье под водой», где указывается период между 6 ноября 1867 года и 17 — 22 июня 1868 года. В любом случае капитан Немо в этот период не мог помогать жителям острова, так как находился далеко от этих мест. Более того, он не мог спасти Сайруса Смита 24 марта 1865 года, так как только что построенный «Наутилус» ещё не стал узником островной пещеры, а только начинал свой путь по морям и океанам.

Неясно, каким образом повествование Аронакса стало известно островитянам, ведь бежавший от капитана Немо профессор должен был за срок от четырёх до 16 месяцев не только вернуться в Париж, но и написать и опубликовать книгу, которая затем должна была поступить в продажу и распространиться по миру. И единственным средством доставки книги Сайрусу Смиту и его товарищам был захваченный пиратами корабль, приблизившийся к острову 17 октября 1867 года, когда по одной версии Аронакс ещё не попал на «Наутилус», а по второй находился на свободе чуть больше трёх месяцев. Тем не менее в ночь с 15 на 16 октября 1868 года попав в островную пещеру Сайрус Смит и Гедеон Спиллет независимо друг от друга тут же узнают «Наутилус» и Смит шепчет имя капитана, которое, «очевидно, было знакомо журналисту, ибо произвело на него глубокое впечатление».

За этот же срок — три месяца и 24 дня при достоверности даты 22 июня 1868 года, указанной в романе «20 000 лье под водой», капитан Немо должен был потерять весь свой экипаж и состариться на острове Линкольна. При этом сам капитан Немо утверждает в своей предсмертной беседе, что уже тридцать лет (то есть с 1838 года) живёт в морских глубинах и не имеет связи с внешним миром, а на острове находится уже шесть лет (то есть с 1862 года). В той же беседе, противореча самому себе, капитан убеждает островитян, что профессор Аронакс попал к нему на корабль 16 лет назад, то есть в 1852 году (а не в 1866 году, как Немо сам им затем сообщил), за пять лет до восстания сипаев, которое побудило его порвать с миром людей. Было бы разумно, если бы этот срок отсылал бы читателя к 1882 году, как к году смерти капитана, что снимало бы некоторые временны́е парадоксы капитана Немо, но в этом случае Сайрус Смит и его спутники провели бы на острове Линкольна 17 лет и превратились бы в людей преклонного возраста, а подростку Герберту было бы уже около тридцати лет.