В 1984 году Synapse Software выпустила игру «Nautilus» где задача игрока заключается в управлении подводной лодкой и отражении атак спрутов и надводных кораблей .

В 1988 году Coktel Vision выпустила видеоигру «20 000 Lieues sous les Mers», где внешний облик «Наутилуса» скопирован с современных подводных лодок, а внутренние помещения оформлены в жанре стимпанк .

10 октября 2002 г. Cryo Interactive Entertainment выпустила игру «Миры Жюля Верна: Тайна Наутилуса» где всё основное действие разворачивается внутри «Наутилуса» .

3 ноября 2004 г. The Adventure Company выпустила игру «Возвращение на таинственный остров», где «Наутилус», в основном, изображён в соответствии с его описанием в романе .

В 2007 году 1С выпустила игру «Рекс и капитан Немо», где образ «Наутилуса» позаимствован у раковины одноимённого моллюска .

Существует модификация игры «Far Cry» (2004) под названием «Таинственный остров» по одноимённому роману Жюля Верна.

Примечательно, что в изданной в 2006 году игре «Механоиды 2: Война кланов» фигурирует механоид, которого зовут Наутилус. Впрочем, самого Наутилуса игрок так и не увидит.