Если идти от форштевня к миделю, то первые 7,5 метров занимает резервуар для хранения воздуха. За ним идёт каюта длиной 2,5 метра, в которой жил профессор Ароннакс. Далее следует каюта капитана длиной 5 метров. Каюта капитана описывается как суровое помещение, из мебели в ней только железная кровать, рабочий стол, несколько стульев и умывальник.

Водонепроницаемой переборкой от них отделён салон. Это просторный зал, имеющий 10 метров в длину, 6 в ширину и 5 в высоту. За узорчатым орнаментом потолка, выдержанного в духе мавританских сводчатых покрытий, скрываются мощные лампы освещения. Капитан Немо устроил здесь самый настоящий музей искусства и даров природы. Стены обтянуты ткаными обоями строгого рисунка.

Около 30 картин в одинаковых рамах, отделённые одна от другой щитами с рыцарскими доспехами, украшают стены. Из мастеров представлены: Рафаэль, Леонардо да Винчи, Корреджо, Тициан, Веронезе, Мурильо, Гольбейн, Веласкес, Рибера, Рубенс, Тенирс, Доу, Метсю, Поль Поттер, Жерико, Прюдон, Бакхёйзен, Берне, Делакруа, Энгер, Де Камп, Труайон, Месонье, Добиньи, при этом работы новомодных на то время мастеров отсутствуют, о чём сказано особо.

Всю стену между дверьми занимает огромная фисгармония, на которой разбросаны партитуры Вебера, Россини, Моцарта, Бетховена, Гайдна, Мейербера, Герольда, Вагнера, Обера, Гуно и многих других. В углах на высоких пьедесталах установлены несколько мраморных и бронзовых копий античных скульптур. Рядом с произведениями искусства соседствуют творения природы, представленные водорослями, раковинами и прочими дарами океанской фауны и флоры.

Посреди салона из гигантской тридакны бьёт фонтан, освещенный снизу электричеством. Края раковины изящно зазубрены, а её диаметр около 2 метров. Вокруг раковины в изящных витринах, оправленных в медь, расположены по классам и снабжены этикетками редчайшие экспонаты океанических вод.

Следом за салоном и второй водонепроницаемой перегородкой расположено помещение библиотеки (она же — курительная комната) длиной метров пять. Вдоль стен помещения установлены книжные шкафы из чёрного палисандрового дерева с бронзовыми инкрустациями, занимающие всё пространство от пола до потолка. Несколько отступя от шкафов установлены сплошные широкие диваны, обитые коричневой кожей, близ диванов расставлены лёгкие передвижные подставки для книг. Посреди библиотеки установлен большой стол. На потолке расположены 4 светильника из матового стекла, а сам потолок украшает лепнина. Библиотека «Наутилуса» насчитывает 20 тыс. томов.

Далее идёт столовая длиной 5 метров, отделанная и меблированная в строгом вкусе. По обоим концам столовой стоят высокие дубовые поставцы, инкрустированные чёрным деревом, на их полках с волнообразными краями установлена утварь из дорогого фаянса, фарфора, хрусталя и серебра. Посреди залы установлен стол. Для смягчения света потолочных светильников применена тонкая роспись потолка.

За третьей водонепроницаемой переборкой расположено небольшое помещение, в котором установлен трап, ведущий к шлюпке. Далее идёт ещё одна каюта длиной 2 метра (в ней жили друзья профессора — его слуга Консель и гарпунёр Нед Ленд), а следом за ней камбуз длиной 3 метра, расположенный между двумя вместительными кладовыми. Возле камбуза размещается комфортабельная ванная комната с кранами для горячей и холодной воды. После идёт матросский кубрик длиною 5 метров.

Четвёртая водонепроницаемая переборка отделяет кубрик от машинного отделения, которое занимает в длину метров двадцать и ярко освещено. Помещение состоит из двух половин: в первой находятся батареи, вырабатывающие электрическую энергию, во второй — машины, вращающие винт корабля.

Если считать только стоимость корпуса и оборудования, то «Наутилус» на момент своего создания стоил около двух миллионов франков, а с учётом коллекций и художественных произведений, хранящихся в нём, — не менее четырёх или пяти миллионов франков.