Со временем все спутники Немо умерли и капитан, которому исполнилось 60 лет, остался один на один со своим кораблём.

Он отвёл «Наутилус» в одну из гаваней, которые иногда служили ему местом стоянки. Эта гавань находилась под островом Линкольна.

Спустя шесть лет, когда на острове разбился аэростат с путешественниками из США, Немо попытался уплыть, но оказалось, что под действием вулканических сил базальтовая скала поднялась, и корабль не мог выйти из подводной пещеры. «Наутилус» оказался взаперти.

Спустя несколько лет Немо, почувствовав свою кончину, вызвал по телеграфу на «Наутилус» колонистов. После общения с ними он изложил им свою последнюю просьбу:

…мне хочется, чтобы «Наутилус» был мне могилой. Это будет мой гроб. Все мои друзья покоятся на дне моря, и я тоже хочу лежать там.

Колонисты пообещали выполнить его просьбу и после смерти Немо плотно закрыли на «Наутилусе» все двери и люки, после чего на корме открыли оба продувочных крана.

16 октября 1868 г. в пещере Даккара «Наутилус» погрузился под воду навсегда, а 9 марта 1869 г., после продолжительного извержения горы Франклина, стены пещеры обрушились и от хлынувшей в жерло вулкана воды гора и значительная часть острова были уничтожены.

«Наутилус» оказался окончательно погребён под обломками пород.